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资源动态

BioCyc数据库(物种基因组、通路信息及组学分析)

来源:试用截止至2022年2月1日

时间:21-12-31

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    BioCyc收集提供了数千个测序生物体的基因组和代谢途径的参考。BioCyc PGDB通过软件产生,该软件预测完全测序的生物体的代谢途径,预测哪些基因编码代谢途径中的缺失酶,并预测操纵子。BioCyc还集成了来自UniProt的其他生物信息学数据库的信息,如蛋白质特征和基因本体信息。BioCyc网站提供了一套用于数据库搜索和可视化的软件工具,用于omics数据分析,以及比较基因组学和比较通路问题。
 

    BioCyc中的每一个数据库描述了单个有机体的基因组和代谢通路。根据用户留下的操作预览和数据更新信息,这些BioCyc中的数据库会建立起不同的层级。第一层数据库通过大量的手动创建,包含了EcoCyc、MetaCyc、HumanCyc和BsubCyc。第二层和第三层数据库则包含了计算预测代谢通路,以及哪些基因编码代谢通路中缺少酶的预测和预测的操纵子。
 

    BioCyc提供的用于组学数据的导航、可视化以及潜在数据的分析工具包括:基因组浏览器、个体代谢通路和完整代谢图的显示、将数据绘制到通路图和代谢图上的多组学数据库;把基因和通路组以SmartTables的形式存放到个人账户,然后可以共享、分析、转移你账户存储的信息。

 

    链接网址:https://biocyc.org/

 

    使用方法:免费注册个人账号,在学校IP范围内进行数据查找和分析,可储存于个人账号中。校外使用时请用VPN进行登录使用。